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AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool): input files creating tool for population genetic admixture estimation software

AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool) : outil de création des fichiers d’entrée pour les logiciels d’estimation du mélange génétique entre populations
G. Gourjon et A. Degioanni
p. 223-229

Résumés

The six most commonly used software programs in the literature for population genetic admixture estimation since 20 years, are ADMIX, ADMIX95, Mistura, Admix 2.0, LEA, and LEADMIX, and each one has its own specific file format and filename extensions. We present a specific tool that can help in the file creation process: AdFiT (Admixture Files Tool) version 1.7, a multi-language software (English, French and Spanish). It allows, from a common file containing data, to instantaneously create input files for these six software programs and two others, Parallel LEA (ParLEA) and Mixtur. The use of several software programs and all the available genetic markers appears to be mandatory to estimate efficiently the admixture rates. This requires the creation of multiple input files, for each software file format and leads to a wide data handling, increasing the risk of keyboarding errors. AdFit can do it quickly, simply (easily) and without errors. AdFiT is freely available online for academic users.

AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool) : outil de création des fichiers d’entrée pour les logiciels d’estimation du mélange génétique entre populations

Les logiciels d’estimation du mélange génétique entre populations les plus utilisés dans la littérature scientifique au cours de ces vingt dernières années sont : ADMIX, ADMIX95, Mistura, Admix 2.0, LEA et LEADMIX. Chacun de ces logiciels nécessite un fichier d’entrée avec un format et une extension spécifiques. Nous présentons ici un outil d’aide dans le processus de création des fichiers d’entrée : AdFiT (Admixture Files Tool), version 1.7, un logiciel multilingue (anglais, français et espagnol). à partir d’un fichier commun de données, il permet de créer instantanément les fichiers d’entrée pour ces 6 logiciels, ainsi que pour deux autres, Parallel LEA (ParLEA) et Mixtur. L’utilisation de plusieurs logiciels et de tous les marqueurs génétiques disponibles est nécessaire pour estimer efficacement les taux de mélange. Cela exige la création de fichiers d’entrée multiples, avec le format propre à chaque logiciel et conduit à une grande manipulation de données, augmentant les risques d’erreurs de saisie. AdFit permet de faire tout cela rapidement, facilement et sans erreur. AdFiT est disponible gratuitement en ligne pour une utilisation non commerciale.

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Pour citer cet article

Référence électronique

G. Gourjon et A. Degioanni, « AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool): input files creating tool for population genetic admixture estimation software », Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris [En ligne], 21 (3-4) | 2009, mis en ligne le 09 juin 2010, Consulté le 25 novembre 2014. URL : http://bmsap.revues.org/6586

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Auteurs

G. Gourjon

UMR 6578, Unité d’Anthropologie Bioculturelle, Université Aix-Marseille 2, 13916 Marseille CEDEX, France,e-mail: geraud.gourjon@etumel.univmed.fr

A. Degioanni

UMR 6578, Unité d’Anthropologie Bioculturelle, Université Aix-Marseille 2, 13916 Marseille CEDEX, France

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Droits d'auteur

© Société d’anthropologie de Paris

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